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Linux

.bashrc

此处可设置各种简写（e.g.你自己写的小工具脚本、工作目录），R librarys ...

alias ll='ls -alF --block-size=M'
alias cdd='cd /mnt/d/WSL_dir/workdir/'

每次修改后记得 source .bashrc 或重启 session

PATH

export PATH=...../anaconda3/bin/:$PATH

STD

Linux 中三种标准输入输出，分别是STDIN，STDOUT，STDERR，对应的数字是0，1，2

do_Something.pl   >  STDOUT.txt    2> STDERR.agp

## below put both 1 and 2 into same file
do_Something.pl &> STDOUT_STDERR.txt
do_Something.pl >STDOUT_STDERR.txt 2>&1

https://blog.csdn.net/tonglin12138/article/details/88263867

Convert img

ref: https://www.cnblogs.com/yymn/p/4479805.html

## ImageMagick:  sudo apt install graphicsmagick-imagemagick-compat

convert  in.pdf  out.png
convert -resize  50%x50%  in.png  out.png

strings

查看二进制文件

strings /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 |grep GLIBC_

less

查看表格时显示得整齐些：

less -S

GLIBC

系统版本的GLIBC版本过低，于是添加一个高级版本系统的源，参考

sudo vi /etc/apt/sources.list

## ADD TO FILE:   
## deb http://th.archive.ubuntu.com/ubuntu jammy main

sudo apt update
sudo apt install libc6

nohup & 中止

nohup xx.sh & 

jobs -l   只能列出当前窗口的
ps -aux   查看所有人的任务

kill -9 <PID>

qsub

qsub -l h=hpc0[12345],vf=30G,p=15  xx.sh
qdel：取消作业
qhold：挂起作业
qstat: 查看情况

find

find  <dir> -name '**'

Bash

echo -n    ## 不换行输出
ls ref.fa.* |cut -d '.' -f3 | while read dd; do echo -n "$dd "; done


for dd in {1..5}; do echo $dd ; done
for dd in {1..30}; do echo "my_${dd}_word" ; done   ## must be ""
for dd in {1..5}; do if [ $((dd))+1 != $((3)) ];then echo $((dd +10)) ; fi; done   ## $((string)) convert str to num

ls img/ | while read dd ; do convert -resize 10%x10% img/$dd img_resize/$dd ; done

sed -n 's/from/to/g' xx.fa | less
  • sed: https://www.runoob.com/linux/linux-comm-sed.html
  • awk: https://www.runoob.com/linux/linux-comm-awk.html
  • grep: https://www.runoob.com/linux/linux-comm-grep.html
  • cut -d'_' -f2 输出以'_'分隔的第二列

SSH

简单使用

本地.ssh/config文件示例

Host vm1
    HostName <ip>
    User user_name
    Port 10007
    LocalForward 8888 localhost:8888

命令行中：

ssh vm1

第一次登陆有可能需要设置：不使用主机公钥确认

ssh -o StrictHostKeyChecking=no vm1

免密码

清除本地电脑上旧的公钥信息

ssh-keygen -R vm1
### or
rm ~/.ssh/known_hosts

生成id_dsa并拷贝给远程机器的authorized_keys,此后可以免密登录/拷贝

ssh-keygen                                    ## generate id_dsa
ssh-copy-id  -i ~/.ssh/id_rsa.pub  vm1

Graphic

有时候可能需要运行带有GUI或者display/gnuplot，这种情况需要通过 PuTTy/WSL + Xming；方法：link1,link2

export DISPLAY=localhost:0

LANG

遇见Fontconfig warning: ignoring C.UTF-8: not a valid language tag,听说Debian已经修理了这个bug？？没用的操作如下：

locale -a  ## 查看语言环境
fc-list :lang=zh

export LANG="C.UTF-8"

WSL

WSL出现错误:

Cannot extract package to a case-insensitive file system

需要在window中设置wsl目录的大小写（win不分文件名称大小写）；若被拒绝，需先至“Windows功能”-勾选“适用于Linux的Windows子系统”,重启电脑

fsutil.exe file setCaseSensitiveInfo D:\WSL_dir enable

随后进入wsl，sudo vi /etc/wsl.conf

[automount]
options = "case=dir"

重启电脑，mount 查看case是否修改成功 | | case=dir | case=off | case=force | | --- | --- | --- | --- | | Flag为enable的目录 | Case Sensitive | Case Sensitive | Case Sensitive | | Flag为disable的目录 | Case Insensitive | Case Insensitive | Case Sensitive | | wsl中创建目录的Flag | Enabled | Disabled | Enabled | 

...
C:\ on /mnt/c type drvfs (rw,noatime,uid=1000,gid=1000,case=dir)
D:\ on /mnt/d type drvfs (rw,noatime,uid=1000,gid=1000,case=dir)

参考：https://blog.csdn.net/niino/article/details/97296810