Farm

为什么研究育种？为了养殖业的资源效率，例如：令肉牛产奶，令消耗/环境破环更小，且无潜在负面影响（产犊、肉质、抗病）

作为生信人员：开发更加自动化的工具？令育种研究更加灵活，缩短育种所耗的时间？

• PigGTEx: 目前国际最全面猪基因型参考群数据库

  • 包含国内外数据库中所有猪重测序数据，且新增深度重测序个体510个
  • 34个组织间的多组学数据比较，评估了遗传调控的组织特异性
  • 对207种复杂表型的QTL进行了定位，为猪的基因组选择和基因编辑育种提供重要依据

• 为瑞士奶农提供建议：何时淘汰奶牛

  • 奶牛的价值取决于：生存预期和月产出
  • 决策还需要顾及其它因素：当时牛犊的价格、养殖环境、品种等

• Sequence-based GWAS meta-analyses for beef production traits

  • 什么是post-GWAS分析？？

• （不能访问全文）Pangenome 作为参考call SV

  • We find high (>90%) concordance of PanGenie-genotyped and DeepVariant-called small variation （普通ref得到的变异可能来自Pangenome？）
  • 且用hifi reads