Install

Python

如果超时，可以配置国内的源：

pip config set global.index-url http://pypi.douban.com/simple

pip install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/

写入：C:\Users.....\AppData\Roaming\pip\pip.ini

pip install jupyter

pip uninstall jupyter

Linux

设置清华源/aliyun源：首先备份旧文件，并生成新的 sources.list

cd /etc/apt
sudo mv sources.list sources.list.old
-----paste new source in sources.list-----

随后记得 sudo apt-get update 或者 sudo apt-get upgrade ；之后就可以正常下载软件了：

apt install <package_name>

apt remove <package_name>

apt-cache madison <package_name>    ## list version

安装完毕后 apt-cache show 查看指定包的详细信息，命令

conda

注意，WSL中Miniconda只能装在/home/，如果装在win盘中则会 OSError: [Errno 40] Too many levels of symbolic links

生成环境+装包

conda update --all -y # update packages

conda create --name myenv
conda activate myenv
conda install -c conda-forge r-base


## same as: 
## conda install -n myenv -c conda-forge r-base
## conda create -n myenv -c conda-forge r-base

查看环境 删除环境 或 环境中的包

conda info --envs

conda remove -n $env_name --all
conda remove --name $env_name $package_name

删除单个包（uninstall 时常出错，改用 remove）；如果再删不了，就直接删除conda bin里的程序吧

conda uninstall $package_name

conda配置源, conda config --remove channels 删除源 （源过多会导致错误），或 conda config --remove-key channels 恢复默认配置，如果 conda config --set channel_priority flexible 也无法解决，就需要手动删除以前配置的源 （也可直接修改~/.condarc 后 conda clean -i）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show channels   ## 查看已安装的源

conda搜寻/安装/特定版本

conda search -c bioconda diamond 
conda install -c bioconda diamond=2.1.6

conda打包yml

activate myenv
conda env export > environment.yml

conda根据yml生成环境

conda env create -f environment.yml

R

如果win安装时候‘permission denied’，则管理员身份运行Rstudio即可；另一个参考：https://www.jianshu.com/p/1017b57f8d79

## Option 1
install.packages(c('dplyr','ellipse','getopt','ggalluvial','ggplot2','ggrepel','lubridate','plyr','RColorBrewer','Rmisc','tidyr','vegan','ggpubr','ggsignif','reticulate'),repo='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')

## Option 2
install.packages(pkgs = "Tax4Fun2_1.1.5.tar.gz", repos = NULL, source = TRUE)

## Option 3
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install('xx')

## Option 4
library(devtools)
install_github('gertvv/gemtc')  
## or
devtools::install_github("junjunlab/ClusterGVis")

Option 5: conda装R包

conda activate myenv
conda install -c conda-forge r-stringi
conda install -c conda-forge r-stringr

更新

# 更新R
updateR()

# 更新library里所有包
update.packages()

# 重新install一下或者
devtools::update_packages()

• 不用鼠标选择源：
  • chooseCRANmirror(graphics=F)
  • chooseBioCmirror(graphics=F)
  • Bioconductor的源

~/.Rprofile 修改BiocManager源，options()$BioC_mirror查看，国内的格式似乎不太对（至少对于老版本来说）

options(BioC_mirror="http://bioconductor.riken.jp/")
options(repos='http://cran.rstudio.com/')

• 有时下载失败，可能需要安装 r/apt 的 openssl，或者更换源，或者干脆设置 options(timeout=50000)

• 有时需要安装旧版本的包，可以去 cran xxpackage -- Old sources处下载，随后 install.packages('xxx.tar.gz',repos=NULL)

• devtools网太差时，可以下载releases，然后 devtools::install_local("xxx-master.zip")

JAVA

用Maven管理依赖包；IntelliJ IDEA设置一下maven地址