Scanpy

官方提供了 Scanpy tutorials 以及 API描述

Install

pip install scanpy
pip install leidenalg

pip install Cython
pip install pyproject
git clone git@github.com:bhargavchippada/forceatlas2.git  ## install fa2
python setup.py install    ## remove 'fa2/fa2util.pxd' from setup.py

AnnData

adata.X = pd.read_csv(mtx_annotation)
adata.var['GeneAnno'] =           ## annotation of variables (genes)
adata.obs['CellAnno'] =           ## annotation of observations (cells)

Tips

模块/操作	作用	说明
sc.read_10x_mtx	读取CellRanger结果为AnnData	filtered_feature_bc_matrix/
sc.pp.---	处理	Filter、Normalize、Log、HVGs，直接修改Matrix/结果存入AnnData.var
sc.tl.---	计算	Umap等，结果存入AnnData.obs；相当于Seurat的meta.data
sc.pl.---	作图	--
adata=adata[:,:].copy()	手动Filter	adata[adata.obs.?? < ?, adata.var.?? < ?]

• adata.raw = adata把处理前的矩阵留存在'.raw'中，adata.raw.to_adata()进行调用
• 需要手动Filter得到HVGs的矩阵，再进行下一步
• Cluster的重命名需要修改pd.category类型:

adata.obs['leiden'] = adata.obs['leiden'].cat.rename_categories({'0':'New0'})

scRNA

示例数据：外周血单核细胞(pbmc)

wget https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz
tar -xzf pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz
ls filtered_gene_bc_matrices/hg19
### barcodes.tsv  genes.tsv  matrix.mtx

示例代码：tutorial: pbmc3k，操作记录：Scanpy.ipynb

与 Seurat基本操作类似，得到Cluster与Markers；sc.tl.paga 提供轨迹分析

参考：PAGA轨迹推断，其它人的操作记录

Spatial: Visium

示例代码：tutorial: 10xVisium