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Interesting Tools

一些新发表的工具，待尝试

CancerProteome

  • CancerProteome: a resource to functionally decipher the proteome landscape in cancer
  • http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CancerProteome/
  • https://doi.org/10.1093/nar/gkad824
  • MicroProteins：https://zhuanlan.zhihu.com/p/266633416

在线查询不同癌症类型的蛋白质/微蛋白

Phables

  • Phables: from fragmented assemblies to high-quality bacteriophage genomes
  • https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad586
  • https://www.x-mol.com/paper/1705618912748261376/t

从碎片化的病毒宏基因组组装中分离噬菌体基因组

MedMNIST

  • https://www.nature.com/articles/s41597-022-01721-8

似乎是一个比较全面的2D/3D医学图像数据库

拟时序多种算法

  • Computational methods for trajectory inference from single-cell transcriptomics
  • A comparison of single-cell trajectory inference methods
  • https://mp.weixin.qq.com/s/j4zezzyiNRhZGKisUWPQ7w

geNomad

鉴定可移动遗传元件的模型

BASEHIT

  • https://mp.weixin.qq.com/s/yW2DTmT_IPJjB83e_4vOSg

wet：与“人类外蛋白的酵母文库”结合的生物素化的菌株 （BASEHIT可以准确地识别细菌与人类外源蛋白之间的大部分直接相互作用）

“宿主和微生物之间的直接联系”

定量的ARG-MGE分布数据库

  • https://mp.weixin.qq.com/s/BVvF6f-Bzwfs0Np3Xqrfbg

GRN

  • 现有的诱导分化方案下，未成熟的细胞可以表现适当的细胞类型特异性标记，但不能完全执行其专门的生理功能: SinCMat 根据训练集得到(成熟时)每种细胞特有的TF，随后模型可用于提示query单细胞的功能基因推断其缺乏什么TF才能达成成熟?
    • ITF即身份标志，STF结合ITF微调表达
    • 将细胞类型特异性功能基因集定义为每种细胞类型中表达最高的前10%的基因
    • ITF-STF 对应的 候选功能基因：Jaccard相似性/Pearson相关
    • SinCMatDB, a manually curated database with experimentally validated cell maturation cues from literature

引物探针

引物探针的设计流程

• 引物尽可能地接近探针，但是不可与探针重叠 
• 引物长度9-40bp，最优20bp，GC含量保持在30-80%之间 
• 避免同一碱基重复过多，特别是连续4个或更多的G 
• 引物Tm值在58-60C之间，上下游引物Tm不要超过2C 
• 引物3’端的5个碱基中，G和C加起来不要超过2个 
• 引物3’端不要是碱基A，避免出现3个以上相同碱基 
• 避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对 
• 避免引物自身形成环状发卡结构 
• 扩增片段的长度在50-150bp之间

我记得NCBI还是哪里可以计算序列的退火温度？？或者有个公式？？

单细胞组成差异分析

TODO: 确认一下统计方法

  • scCODA -- 不同分组样本的细胞组成的差异

LLM 测试工具

Agentboard