ID Mapper

将不同数据库的注释结果对应起来

-- 常用对应关系 --
GENE_INFO EntrezID转一切 *.gz
idmapping.tb.gz 很多数据库 .gz
accession2taxid Accession/Taxid/GI .gz
filtered_goa_uniprot_all.gaf.gz GO/GI/其refDB... latest-->annotations-->.gz
ID Mapping UniProtKB/GI 在线
bioDBnet GI/KEGG/EC/... 在线
g:Profiler Ensemble 在线，部分物种
org.xx.eg.db + select() ENTREZID/ENSEMBL/SYMBOL R:AnnotationDbi
org.xx.eg.db + bitr() ENTREZID/ENSEMBL/SYMBOL R:clusterProfiler
getBM() Ensemble:Gene/Transcript R:biomaRt
GO Cross-references GO/... --
ID 说明 示例
Taxid NCBI Taxonomy 所用ID 1 root
Ensemble ID ENS[SPE][X][11 number].[V] ENSP00000339754.1 P=Protein
GI Number GenBank 核苷酸序列的序列标识号，Accession的不同版本会有不同GI号 GI: 2462602239 RNF180
RefSeq Accession Number refseq，nt，nr，(非冗余+人工review) GenBank: XM_054352456.1 RNF180
Entrez ID 也称Gene ID；不同物种同源基因对应不同Entrez ID；而对于同一Entrez ID，不同Assembly可对应不同RefSeq Accession GeneID: 285671 RNF180
Gene Symbol 基因通用名称，或在Entrez ID前添加LOC前缀作为Symbol TP53
UniProt Accession Number 提交记录，一个Entry可能对应多个Accession A2BC19，P56559
GO terms -- GO:0005829

其它参考：