Workflow

常见流程整合工具，可以提示流程是否成功运行；虽然更偷懒的方式是用自己熟悉的语言生成bash

--	说明/示例
nextflow	支持使用通配符读取文件
snakemake	不支持分布式计算
wdl	GATK
cwl	最新款？？

推荐参考1，推荐参考2，关联-CMake

WDL/Cromwell

workflow 包含/call tasks, tasks 包含 command + output；二者都需要声明使用的变量

test.wdl

workflow calltaskA {
  File? inFw
  Boolean hasInw
  String outSSw
  call taskA as tA{
    input:
      inF = inFw,
      hasIn = hasInw,
      outSS = outSSw
  }

  call taskB{
    input:
      TextB = tA.outtext
  }
}


task taskA {
  File? inF
  Boolean hasIn
  String outSS
  String commandText = if(hasIn) then "echo" + " inF" else "echo no inF"
  command {
    echo "hi" > ${outSS}.SS 
    ${commandText} >> ${outSS}.SS
  }
  output {
    File outF = "${outSS}.SS"
    String outtext = "ok A"
  }
}

task taskB {
  String TextB
  command {
    echo ${TextB} > log.txt
  }
}

test.json 传参给 wdl pipeline，格式：“workflow_name.var1":"specific_var1",；hasInw=FALSE时可以不加inFw（因为有?标识）

{
    "calltaskA.inFw":"myin.txt",
    "calltaskA.hasInw":"TRUE",
    "calltaskA.outSSw":"myout"
}

cromwell 运行它

wget https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/86/cromwell-86.jar
java -jar cromwell-86.jar run test.wdl --inputs test.json 

太多log了，而且每个task一个文件夹，让事情更加复杂。。

runtime、parameter_meta、meta等是为了适配docker等，参考 Backends