Genome
TBA
QC
vecscreen去除载体序列
Survey分析
https://zhuanlan.zhihu.com/p/366933242
de novo 组装
| 软件 | 数据 | 适用场景 | 其它 |
|---|---|---|---|
| SPAdes | 二代 / 二代+三代 | GC分布均匀，测序深度均匀 | 小基因组：线性/环状 |
| MaSuRCA | 二代 / 二代+三代 | GC分布不均匀，测序深度分布不均匀 | 消耗资源少，适合大基因组：放线菌、真核生物 |
| Unicycler | 二代 / 二代+三代 | GC分布均匀，测序深度均匀 | 小基因组：线性/环状 |
| GetOrganelle | 数据？？ | 高度污染的情况下 | Meta组装找找可能存在的片段，以此为seed |
| MECAT2 | 三代 | -- | -- |
| Canu | 三代 | -- | 资源消耗大 |
结构注释
动物预测基因： GeneMark, Augustus ,SNAP ,GENEWISE 转录组数据辅助基因预测：minimap2比对reference，再用collapse得到基因结构（pacbio官方推荐）
https://zhuanlan.zhihu.com/p/588761049
https://cloud.tencent.com/developer/article/2351525?areaId=106005
功能注释
其它下游分析
同源物种的共线性分析
多个物种的进化关系分析（OrthoFinder）
Pan-Genome 制作
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