RNA

其它：可变剪接的研究（rMATS），非编码RNA与靶基因的互作...

mRNA Pipeline

基因的表达水平

• QC & Trim
• Clean Data
  • Remove host RNA (Human + host) via mapping
  • Remove rRNA (SILVA,GreenGene,NCBI rRNA...) via mapping result
• Assembled Genome
  • Opt1. NCBI Ref / same sample's DNA assembly
  • Opt2. denovo -- 组装完成后可以与Opt1的contigs合并、去重
    • Trinity / rnaSPAdes / IDBA-MT (for Meta)
• Gene Prediction & dereplicate
• Gene expression Counts (RPKM/...)
  • via Mapping: HISAT2+stringTie / SOAPaligner
  • via Kmer: Kallisto/Salmon
• Diff expr
  • DESeq2 / edgeR / limma
• Gene Functions
  • GO / KEGG / String / ...

Dual RNA-seq Pipeline

针对病原体和宿主之间的互作；无需分离二者、减少数据损失。

• 必须有Host与Patho的参考基因组。若无，Host可找近缘物种提取contigs，而Patho比较容易直接组装
• 互作：共生、寄生、竞争、捕食
• Patho可以是一个物种，也可以是Meta数据